Eigentümerin der Franziskanerkirche ist die Stadt Überlingen, welche diesen Kirchenraum auch für Konzerte zur Verfügung stellt.

Die Kirche wurde als Bestandteil des damaligen Franziskanerklosters 1348 erbaut und 1753 barockisiert. Dabei waren die gleichen Meister beteiligt, die auch fünf Jahre zuvor die Klosterkirche Birnau schufen.

Das Altarbild "Unbefleckte Empfängnis" stammt von Gottfried Bernhard Götz, kaiserlicher Hofmaler aus Augsburg. Die übrige Altarausstattung stammt von Josef Anton Feuchtmayer und seinem Mitarbeiter Franz Anton Dirr. Die Skulpturen, aus Lindenholz geschnitzt, mit weißem Kreidelack versehen, erinnern an den weißen Marmor Italiens. Den Altar krönt ein Baldachin mit dem Gerichtsengel. An den Altarsäulen stehen die Märtyrer  Laurentius rechts und Stefanus links, daneben der Heiligen Franziskus und Antonius. Die Säulen und der Altaraufbau sind aus Stuckmarmor.
Das besondere an diesem Altar ist, dass es sich um einen Doppelaltar handelt. Im oberen Drittel führt eine Galerie vom Klosterbau ins "Chörle" hinter den Hochaltar, dessen Rückseite mit einem geschnitzten Altarrelief ausgestattet ist.  Etwa auf gleicher Höhe befindet sich an der linken Chorseitenwand ein goldenes Gitter, hinter dem einst kranke Mönche den Gottesdienst vom Klostergang aus mitverfolgen konnten.

Der Chorraum wurde durch den Franziskanerbruder Sebastian Schilling aus Villingen ausgemalt und das Kirchenschiff von dem Stukkateur Bantle und dem Maler Ludwig Herrmann gestaltet. Restaurator Kneer, Munderkingen und die Überlinger Kunstwerkstätte Mezger restaurierten den Innenraum 1975-77.